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安装一些使用 viroBlast 的依赖软件。

XAMPP案例 中文小张 156浏览 0评论

写在写在前面的前面

高通量测序已然普及。要把某个并不太复杂的物种基因组挂到一个相对粗糙的染色体水平,或许花费只需10w上下(*不看人力*)。大多数课题组从经费上,事实已经能够承受。虽然已报道的植物仅仅300多个,但更多课题组早已有自己组装好的基因组。**基因组项目,从某个角度来说,是该项目负责人在做的公益项目**。一方面是人力物力的输出,另一方面,我们很清楚,投入与收益很少能够对等。基因组的公布**或共享**事实上,就是在在免费的公共服务。

回到主题,如果更好地让一个基因组测序结果充分地得到利用,那么最直接的,就是建立相应的网站并分享给有需要的人或课题组。

课题组研一成员老饕给实验室搭建了一个实验室内部使用的Blast网页服务。我便要其将操作流程整理并投稿至**生信札记**,并希望对有需要的朋友有参考意见。以下全文:

 

写在前面

 

由于我们实验室的主要研究对象是荔枝,而在ncbi上的blast中还没收录荔枝基因组信息,所以使用起来不是那么方便。那么我们能不能实现一个本地的blast网站,使我们可以用荔枝的基因信息作为query,以荔枝的整个基因组作为Database,进行blast搜索呢?

答案是肯定的,目前我知道的有几个工具可以实现我们的目的——

  • viroBlast
  • SequenceServer
  • wwwblast
    这里我用的是 viroBlast

 

实现过程

 

首先,要安装一些使用 viroBlast 的依赖软件。

1. 安装 blast+,使用conda安装blast,也可以去ncbi上下载相应的blast+压缩包,然后再自行安装。

2. 安装 服务器 apache2,因为我们要搭建的是一个网页版的blast。  如果你像我一样已经安装了xampp集成包,也可不用直接单独安装apache2。

3. 安装PHP,因为viroBlast是用PHP编写的,所以我们需要有PHP。当然,如果你安装了xampp,同样也不用单独安装PHP,这些在xampp中都包含着。

4. 下载viroblast。要下载viroblast,首先先要去其官网申请许可。当然在GitHub上也可以找到资源下载。https://indra.mullins.microbiol.washington.edu/viroblast/viroblast.php

 

进入官网,然后点击Download

然后选择 Academic License ,点击之后填写相关信息并提交,就会收到被授予许可的邮件以及下载链接。

5. 有了下载链接之后,我们就可以下载 viroBlast啦,以下是我获得的链接。

6. 解压

7. 移动viroblast 文件夹到相应的位置。

  • 如果你是单独安装的apache2, 那么移动到  /var/www/html 下:
  • 8. 通过网页查看viroblast是否安装成功。打开浏览器,网页访问:http://主机IP/viroblast/viroblast.php,显示如下说明安装成功:

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