JBrowse，可以把它理解为一个网站（网页），只不过使用它不再需要从 HTML 和 CSS 写起，也不用 JS 来编写各种 function。其次它的功能是用来展示各种基因信息，比如基因的外显子、内含子，比如转座子和重复序列或者SNP等。
优点：
- 数据呈现的压力从本机转移到了后端服务器。
- 其本身的网站属性让你我都可以随时访问。
- 安装
- 首先下载JBrowse安装包
- 接下来。。。嗯。。。手动安装JBrowse实在很折磨。。花了三天也没整好，不知道是我模块安装不全还是哪里的配置没设好。。
总之，最后放弃了，惭愧惭愧 还是 经验太少能力太弱。
然后尝试用 bioconda 安装Jbrowse。 试了之后，真香！ - 用 bioconda 安装Jbrowse
- 一、先上conda的网站，查询是否含有我们所需的包https://anaconda.org/search?q=JBrowse+&sort=ndownloads&sort_order=-1&reverse=false
- 三、安装好了之后，cd 到 conda 安装的路径
- 四、将整个Jbrowse文件夹cp到 /opt/lampp/htdocs/
- 因为我用的是xampp，所以cp到该文件夹下就可以直接在网上浏览了。那么如果你使用的是其他的
web服务器软件，如 nginx ，将Jbrowse拷贝到相应的文件夹下即可。 - 五、用浏览器访问 index.html ，查看JBrowse是否可以正常运行。浏览器访问： 你的IP/jbrowse-1.16.2-pl526h6bb024c_7/opt/jbrowse/index.html
- 六、运行 setup.sh ，安装一些模块之类的，还会配置一个示例data用于展示。（注意：官网有强调，不能用root安装）
-
./setup.sh嗯。。这个脚本跑了很久一直跑不成功。。。在 setup.log 文件中，可以查看一些报错信息，然后去解决。
我运行的时候，示例数据一直处理不成功，不知道为何 ， 但是不影响，做自己的数据没问题。
- 配置
- 一、配置参考基因组使用 prepare-refseqs.pl 脚本
bin/prepare-refseqs.pl --fasta 参考基因组文件配置完之后，会在当前文件夹下产生一个 data 文件夹，里面含有一些配置信息。
参考序列生成的 track 会为后续所有文件提供一个坐标，一直放大后参考序列的碱基也会显示出来。
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